这主要是因为，即使刑罚执行完毕，但如果在犯罪过程中涉及到了微信支付等财产手段，并且这些财产手段被用于了非法活动，法院有权根据相关法律对微信支付功能进行限制。这是为了防止再次发生违法行为，并保障执行相关法律判决或裁定。
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在不同情况下，处理方式有所不同。如果认为限制不当，可以向法院申请复议，提供相关证据证明已经履行了法定义务或纠正了违法行为。同时，也可以积极与法院沟通，了解限制的具体原因，并根据法院的要求采取相应的解除限制措施。此外，还可以寻求专业律师的帮助，依法维权。
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“如果已经履行了义务是否还会被限制”的假设问题，答案是否定的。如果已经履行了相关义务，法院通常不会继续限制微信支付。但具体处理方式需根据案件情况而定，可以向法院提供履行义务的证据，申请解除限制。同时，要密切关注法院的通知和裁定，确保自己的权益不受侵害。在选择处理方式时，建议咨询专业律师的意见。