两份工作收入加起来超过5000元，需要交个人所得税。分析说明：根据我国《个人所得税法》的规定，个人所得税起征点为5000元。若两份工作的收入都属于“工资、薪金所得”，且总收入超过5000元，则超出部分需要缴纳个人所得税。在次年3月1日至6月30日内，需办理综合所得年度汇算清缴，将全年取得的工资薪金等四项所得合并计算应纳个人所得税，多退少补。提醒：若发现个人纳税金额与实际收入不符，或收到税务部门的调查通知，表明问题可能比较严重，应尽快咨询税务专业人士。
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具体操作：在不同情况下，处理两份工作收入合并计税问题的具体操作如下：1.若两份工作收入均稳定且可预测，个人可在每年年初或收入发生变化时，通过个人所得税APP进行预估申报，以便及时了解个人税负情况。2.若其中一份工作为兼职或临时性质，收入不稳定，个人应在取得收入后，及时通过个人所得税APP进行补充申报，确保全年收入完整计税。3.在进行综合所得年度汇算时，个人应仔细核对各项扣除项目，如专项扣除、专项附加扣除等，确保准确计算应纳税所得额。4.若发现个人纳税金额与实际收入不符，或收到税务部门的调查通知，个人应立即停止自行操作，并尽快联系税务机构或税务顾问，寻求专业帮助。总之，个人应依法纳税，确保税收合规，避免税务风险。
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处理方式：从法律角度看，处理两份工作收入合并计税的问题，主要有两种方式：1.自行申报纳税：个人需通过手机端或PC电脑端下载个人所得税APP，注册并登录后，按照指引填写人员信息，并进行综合所得年度汇算，选择申报年度，计算应纳税所得额及应缴纳税额，最后进行申报缴费。2.咨询税务机构：对于税法细节不清楚或计算复杂的，建议咨询税务机构或税务顾问，以确保正确申报税款，避免税务风险。选择建议：若个人对税法有一定了解，且能熟练操作个人所得税APP，可选择自行申报纳税；若对税法不熟悉或计算复杂，建议选择咨询税务机构或税务顾问。